แหล่งที่มา : กองผู้ช่วยผู้พิพากษาศาลฎีกา
ย่อสั้น
แม้ พ.ร.ฎ.ออกตามความใน ป.รัษฎากร ว่าด้วยการยกเว้นรัษฎากร (ฉบับที่ 460) พ.ศ.2549 มาตรา 2 จะบัญญัติว่า ให้ใช้บังคับตั้งแต่วันถัดจากวันประกาศในราชกิจจานุเบกษาเป็นต้นไป และได้ประกาศในราชกิจจานุเบกษาเมื่อวันที่ 13 กรกฎาคม 2549 จึงมีผลใช้บังคับตั้งแต่วันที่ 14 กรกฎาคม 2549 เป็นต้นไป แต่ตามความในมาตรา 3 (1) วรรคสอง บัญญัติให้เงินได้ที่ได้จ่ายตามวรรคหนึ่ง ต้องจ่ายภายในห้ารอบระยะเวลาบัญชีนับแต่รอบระยะเวลาบัญชีที่เริ่มในหรือหลังวันที่ 1 มกราคม 2549 เป็นต้นไป โดยไม่มีข้อความใดบัญญัติให้เงินได้ที่จ่ายตามมาตรา 3 (1) วรรคหนึ่ง ที่จะได้รับการยกเว้นภาษีเงินได้จะต้องเป็นเงินได้ที่ได้จ่ายหลังวันที่ พ.ร.ฎ ฉบับนี้มีผลใช้บังคับ ทั้งประกาศอธิบดีกรมสรรพากรเกี่ยวกับภาษีเงินได้ (ฉบับที่ 156) ฯ ซึ่งออกตาม พ.ร.ฎ ฉบับดังกล่าว ก็กำหนดเงื่อนไขในข้อ 3 ไว้แต่เพียงว่าต้องเป็นโครงการที่มีมูลค่าตั้งแต่ห้าล้านบาทขึ้นไปเท่านั้น โดยไม่ได้ระบุว่าต้องเป็นเงินได้ที่ได้จ่ายหลัง พ.ร.ฎ ฉบับนี้ใช้บังคับ ดังนั้น เงินได้ที่ได้จ่ายตามหลักเกณฑ์ที่ระบุไว้ตามมาตรา 3 (1) และได้จ่ายนับแต่รอบระยะเวลาบัญชีที่เริ่มในหรือหลังวันที่ 1 มกราคม 2549 เป็นต้นไป แม้ก่อนวันที่ 14 กรกฎาคม 2549 ซึ่งเป็นวันที่ พ.ร.ฎ ฉบับนี้มีผลใช้บังคับ ย่อมได้รับยกเว้นภาษีเงินได้
ย่อยาว
โจทก์ฟ้องขอให้เพิกถอนคำสั่งตามหนังสือแจ้งคืนเงินภาษีอากร ค.20 เลขที่ 02015090/02/0089 ลงวันที่ 4 กุมภาพันธ์ 2552 เพิกถอนคำสั่งตามหนังสือแจ้งผลอุทธรณ์คำสั่งแจ้งไม่คืนเงินภาษีอากรที่ กค 0722/5316 ลงวันที่ 20 กรกฎาคม 2554 กับให้จำเลยคืนเงินค่าภาษีอากร 76,257,307.61 บาท พร้อมดอกเบี้ยในอัตราร้อยละ 1 ต่อเดือนหรือเศษของเดือนของต้นเงิน 50,501,528.22 บาท นับแต่วันถัดจากวันฟ้องเป็นต้นไปจนกว่าจะชำระเสร็จแก่โจทก์
จำเลยให้การขอให้ยกฟ้อง
ศาลภาษีอากรกลางพิพากษาให้แก้ไขหนังสือแจ้งคืนภาษีอากร ค.20 เลขที่ 02015090/02/0089 ลงวันที่ 4 กุมภาพันธ์ 2552 เป็นให้คืนเงินค่าภาษีอากรแก่โจทก์จำนวน 385,302,360.55 บาท และแก้ไขหนังสือแจ้งผลอุทธรณ์คำสั่งแจ้งไม่คืนเงินภาษีอากรที่ กค 0722/5316 ลงวันที่ 20 กรกฎาคม 2554 เป็นว่าโจทก์มีสิทธินำรายจ่ายตามโครงการปรับปรุงคุณภาพน้ำมัน และโครงการปรับปรุงถังน้ำมันP-915 B มาถือเป็นรายจ่ายในการคำนวณกำไรสุทธิในรอบระยะเวลาบัญชีระหว่างวันที่ 1 มกราคม 2549 ถึงวันที่ 31 ธันวาคม 2549 ได้ตามพระราชกฤษฎีกาออกตามความในประมวลรัษฎากร ว่าด้วยการยกเว้นรัษฎากร (ฉบับที่ 460) พ.ศ.2549 กับให้จำเลยชำระเงิน 50,501,528.22 บาท พร้อมดอกเบี้ยอัตราร้อยละ 7.5 ต่อปีนับแต่วันฟ้อง (วันที่ 21 ตุลาคม 2554) เป็นต้นไปจนกว่าจะชำระเงินเสร็จแก่โจทก์ให้จำเลยใช้ค่าฤชาธรรมเนียมแทนโจทก์ โดยกำหนดค่าทนายความ 150,000 บาทและค่าใช้จ่ายในการดำเนินคดี 70,000 บาท คำขออื่นให้ยก
โจทก์และจำเลยอุทธรณ์ต่อศาลฎีกา
ศาลฎีกาแผนกคดีภาษีอากรวินิจฉัยว่า ข้อเท็จจริงเป็นยุติตามคำพิพากษาศาลภาษีอากรกลาง โดยโจทก์และจำเลยมิได้อุทธรณ์โต้แย้งว่าโจทก์เป็นนิติบุคคลประเภทบริษัทมหาชนจำกัด จดทะเบียนในตลาดหลักทรัพย์แห่งประเทศไทยตามกฎหมายว่าด้วยหลักทรัพย์และตลาดหลักทรัพย์ วันที่ 9 พฤษภาคม 2550 โจทก์ยื่นแบบแสดงรายการภาษีเงินได้บริษัทหรือห้างหุ้นส่วนนิติบุคคล (ภ.ง.ด.50) สำหรับรอบระยะเวลาบัญชีระหว่างวันที่ 1 มกราคม 2549 ถึงวันที่ 31 ธันวาคม 2549 โดยแสดงผลขาดทุนสุทธิ 381,391,962.60 บาท จึงไม่มีภาษีต้องชำระ แต่มีภาษีเงินได้ถูกหัก ณ ที่ จ่าย 9,053,503.18 บาท และมีภาษีเงินได้ชำระไว้แล้วตามแบบแสดงรายการภาษีเงินได้บริษัทหรือห้างหุ้นส่วนนิติบุคคล (ภ.ง.ด.51) 376,248,857.37 บาท จึงมีภาษีที่ชำระไว้เกิน 385,302,360.55 บาท โจทก์ขอคืนเงินภาษีที่ชำระไว้เกินจำนวนดังกล่าว โดยนำหนังสือค้ำประกันของธนาคารกรุงไทย จำกัด (มหาชน) ต่อมาเปลี่ยนเป็นหนังสือค้ำประกันของธนาคารกสิกรไทย จำกัด (มหาชน) มอบไว้แก่จำเลยเพื่อประกันเงินค่าภาษีตามจำนวนที่โจทก์ยื่นคำร้องขอคืนไว้ จนกว่าผลการตรวจสอบภาษีของเจ้าพนักงานของจำเลยจะแล้วเสร็จ เจ้าพนักงานของจำเลยอนุมัติจ่ายคืนเงินภาษีอากรจำนวนดังกล่าวแก่โจทก์ ตามหนังสือแจ้งคืนเงินภาษีอากร (ค.20) เลขที่ 02009090/02/0075 ลงวันที่ 25 กรกฎาคม 2550 โจทก์ได้รับเงินค่าภาษีจำนวนดังกล่าวคืนแล้วต่อมาเจ้าพนักงานของจำเลยตรวจสอบแล้วปรากฏว่า โจทก์ได้รับอนุมัติให้เปลี่ยนแปลงวิธีการคำนวณราคาทุนของสินค้าคงเหลือสำหรับผลิตภัณฑ์น้ำมันและน้ำมันดิบ จากวิธีเข้าก่อน-ออกก่อน เป็นวิธีถัวเฉลี่ยถ่วงน้ำหนัก ตั้งแต่รอบระยะเวลาบัญชีระหว่างวันที่ 1 มกราคม 2549 เป็นต้นไป และปรับปรุงราคาสินค้าต้นงวดให้เป็นวิธีถัวเฉลี่ยถ่วงน้ำหนัก จึงมีผลให้สินค้าคงเหลือในงบการเงินยกมา ณ วันที่ 1 มกราคม 2549 ถึงวันที่ 31 ธันวาคม 2549 ตามวิธีเข้าก่อน-ออกก่อน (วิธีเดิม) ต่ำกว่าวิธีถัวเฉลี่ยถ่วงน้ำหนัก (วิธีใหม่) จำนวน 38,851,650.64 บาท โจทก์จึงนำมาถือเป็นรายจ่ายโดยปรับปรุงหักออกในแบบแสดงรายการภาษีเงินได้บริษัทหรือห้างหุ้นส่วนนิติบุคคล (ภ.ง.ด.50) เพื่อให้ราคาสินค้าต้นงวดเป็นวิธีถัวเฉลี่ยถ่วงน้ำหนัก อันเป็นเหตุให้มีกำไรสุทธิเพื่อเสียภาษีลดลง จึงเป็นการคำนวณที่ไม่ถูกต้องตามมาตรา 65 ทวิ (6) แห่งประมวลรัษฎากร นอกจากนี้โจทก์ยังนำรายจ่ายตามโครงการปรับปรุงคุณภาพน้ำมัน และโครงการปรับปรุงถัง P-915 B ซึ่งเกิดขึ้นก่อนวันที่พระราชกฤษฎีกาออกตามความในประมวลรัษฎากร ว่าด้วยการยกเว้นรัษฎากร (ฉบับที่ 460) พ.ศ.2549 มีผลใช้บังคับ จำนวน 2,038,939,821.38 บาท และ 1,441,991.15 บาท ตามลำดับ มาหักเป็นรายจ่ายเพิ่มขึ้นร้อยละ 25 ของเงินที่จ่าย คิดเป็นเงิน 510,095,453.13 บาท ซึ่งไม่เข้าหลักเกณฑ์ วิธีการ และเงื่อนไขยกเว้นภาษีเงินได้นิติบุคคลตามพระราชกฤษฎีกาออกตามความในประมวลรัษฎากร ว่าด้วยการยกเว้นรัษฎากร (ฉบับที่ 460) พ.ศ.2549 โจทก์จึงไม่ได้รับการยกเว้นรัษฎากร เจ้าพนักงานของจำเลยจึงทำการปรับปรุงการคำนวณภาษีให้เป็นไปตามผลการตรวจสอบ ทำให้โจทก์มีกำไรสุทธิ 168,338,427.39 บาท ซึ่งจะต้องเสียภาษีเงินได้นิติบุคคลจำนวน 50,501,528.22 บาท เมื่อหักเงินจำนวนดังกล่าวจากภาษีหัก ณ ที่จ่าย และที่โจทก์ชำระแล้วจำนวน 385,302,360.55 บาท โจทก์จึงมีสิทธิได้รับคืนเงินภาษีจำนวน 334,800,823.33 บาท ทำให้โจทก์ได้รับเงินค่าภาษีอากรคืนเกินไปกว่าที่โจทก์มีสิทธิได้รับคืนตามกฎหมายจำนวน 50,501,528.22 บาท เจ้าพนักงานของจำเลยจึงมีหนังสือแจ้งการยกเลิกหนังสือแจ้งคืนเงินภาษีอากร (ค.37) ที่ กค 0722/007 ลงวันที่ 3 กุมภาพันธ์ 2552 และหนังสือแจ้งการสั่งคืนเงินภาษีอากรผิดพลาด (ค.31) เลขที่ 0722/006 ลงวันที่ 18 กุมภาพันธ์ 2552 และออกหนังสือแจ้งคืนเงินภาษีอากรตามจำนวนที่โจทก์มีสิทธิได้รับตามกฎหมาย 334,800,832.33 บาท ตามหนังสือแจ้งการสั่งคืนเงินภาษีอากร (ค.20) เลขที่ 02015090/02/0089 ลงวันที่ 4 กุมภาพันธ์ 2552 แจ้งให้โจทก์ทราบ วันที่ 20 มีนาคม 2552 โจทก์นำเงินจำนวน 50,501,528.22 บาท ไปชำระคืนแก่จำเลยแล้ว โจทก์เห็นว่าหนังสือแจ้งคืนเงินภาษีอากร (ค.20) ดังกล่าว เป็นคำสั่งที่ไม่ชอบด้วยกฎหมาย วันที่ 11 มีนาคม 2552 โจทก์จึงยื่นอุทธรณ์คัดค้านหนังสือแจ้งคืนเงินภาษีอากร (ค.20) ดังกล่าว ต่ออธิบดีกรมสรรพากร จำเลยพิจารณาคำอุทธรณ์ของโจทก์แล้วมีหนังสือที่ กค 0722/5316 ลงวันที่ 20 กรกฎาคม 2554 พิจารณาแล้วเห็นว่า หนังสือแจ้งคืนเงินภาษีอากร (ค.20) เลขที่ 02015090/02/0089 ลงวันที่ 4 กุมภาพันธ์ 2552 ถูกต้องชอบด้วยข้อกฎหมายแล้ว แต่โจทก์ยังไม่เห็นพ้องด้วยคดีมีปัญหาต้องวินิจฉัยตามอุทธรณ์ของจำเลยว่า เงินที่โจทก์จ่ายไปในโครงการปรับปรุงคุณภาพน้ำมันเชื้อเพลิง และโครงการปรับปรุงถัง P-915 B จำนวน 510,094,453.13 บาท ได้รับยกเว้นภาษีเงินได้นิติบุคคลตามพระราชกฤษฎีกาออกตามความในประมวลรัษฎากร ว่าด้วยการยกเว้นรัษฎากร (ฉบับที่ 460) พ.ศ.2549 หรือไม่ ที่จำเลยอุทธรณ์โต้แย้งว่า การตีความของจำเลยรวมทั้งการออกคำชี้แจงกรมสรรพากร เรื่อง การยกเว้นภาษีเงินได้นิติบุคคลให้แก่บริษัทที่มีหลักทรัพย์จดทะเบียนในตลาดหลักทรัพย์แห่งประเทศไทย ตามกฎหมายว่าด้วยหลักทรัพย์และตลาดหลักทรัพย์ สำหรับเงินได้ที่ได้จ่ายเพื่อการลงทุน หรือการต่อเติม เปลี่ยนแปลง ขยายออก หรือทำให้ดีขึ้นซึ่งทรัพย์สิน แต่ไม่ใช่เพื่อการซ่อมแซมให้คงสภาพเดิม ตามมาตรา 65 ตรี (5) แห่งประมวลรัษฎากรฉบับลงวันที่ 25 เมษายน 2550 เกี่ยวกับมาตรา 3 (1) แห่งพระราชกฤษฎีกาออกตามความในประมวลรัษฎากร ว่าด้วยการยกเว้นรัษฎากร (ฉบับที่ 460) พ.ศ.2549 และประกาศอธิบดีกรมสรรพากรเกี่ยวกับภาษีเงินได้ (ฉบับที่ 156) เรื่อง กำหนดหลักเกณฑ์ วิธีการ และเงื่อนไขการยกเว้นภาษีเงินได้นิติบุคคลให้แก่ บริษัทที่มีหลักทรัพย์จดทะเบียนในตลาดหลักทรัพย์แห่งประเทศไทย ตามกฎหมายว่าด้วยหลักทรัพย์และตลาดหลักทรัพย์ สำหรับเงินได้ที่ได้จ่ายเพื่อการลงทุน หรือการต่อเติม เปลี่ยนแปลง ขยายออกหรือทำให้ดีขึ้นซึ่งทรัพย์สิน แต่ไม่ใช่เป็นการซ่อมแซมให้คงสภาพเดิม ตามมาตรา 65 ตรี (5) แห่งประมวลรัษฎากร ลงวันที่ 15 กันยายน 2549 หาได้เป็นการตีความเกินกว่าที่กฎหมายกำหนดหรือขัดต่อเจตนารมณ์ของกฎหมาย เนื่องจากนิติบุคคลที่จะได้รับสิทธิประโยชน์ทางภาษีตามพระราชกฤษฎีกาประกอบประกาศอธิบดีกรมสรรพากรฉบับดังกล่าว จะต้องจัดทำโครงการลงทุนตั้งแต่วันที่ 14 กรกฎาคม 2549 เป็นต้นไป เนื่องจากพระราชกฤษฎีกาฉบับดังกล่าว มาตรา 2 กำหนดไว้ชัดเจนว่า พระราชกฤษฎีกานี้ให้ใช้บังคับตั้งแต่วันถัดจากวันประกาศในราชกิจจากนุเบกษา เป็นต้นไป เมื่อพระราชกฤษฎีกาฉบับดังกล่าวมีการประกาศในราชกิจจานุเบกษาเมื่อวันที่ 13 กรกฎาคม 2549 พระราชกฤษฎีกาฉบับดังกล่าวจึงมีผลบังคับใช้ในวันถัดไปคือวันที่ 14 กรกฎาคม 2549 เป็นต้นไป แต่โครงการปรับปรุงคุณภาพน้ำมันเชื้อเพลิง และโครงการปรับปรุงถัง P-915 B ของโจทก์ทั้งสองโครงการได้รับอนุมัติและดำเนินโครงการเมื่อวันที่ 16 มีนาคม 2549 และวันที่ 11 เมษายน 2549 ตามลำดับโดยได้มีการชำระเงินตามโครงการดังกล่าวบางส่วนก่อนวันที่พระราชกฤษฎีกาฉบับดังกล่าวจะมีผลใช้บังคับในวันที่ 13 กรกฎาคม 2549 แม้โครงการของโจทก์ทั้งสองจะเกิดขึ้นในรอบระยะเวลาบัญชีระหว่างวันที่ 1 มกราคม 2549 ถึงวันที่ 31 ธันวาคม 2549 ประกอบกับพระราชกฤษฎีกาฉบับดังกล่าว มาตรา 3 (1) วรรคสอง บัญญัติว่า เงินได้ที่จ่ายตามวรรคหนึ่ง ต้องจ่ายภายในห้ารอบระยะเวลาบัญชีนับแต่รอบระยะเวลาบัญชีที่เริ่มในหรือหลังวันที่ 1 มกราคม 2549 เป็นต้นไป ก็ตาม แต่โครงการที่จะได้รับยกเว้นภาษีเงินได้ตามมาตรา 3 (1) แห่งพระราชกฤษฎีกาฉบับดังกล่าวต้องตีความโดยเคร่งครัดตามตัวอักษร เนื่องจากเป็นข้อยกเว้นจากหลักทั่วไป ด้วยเหตุนี้จึงต้องเป็นโครงการที่ได้รับอนุมัติตั้งแต่วันที่ 14 กรกฎาคม 2549 ซึ่งเป็นวันที่กฎหมายมีผลใช้บังคับ การที่อธิบดีของจำเลยในฐานะผู้มีอำนาจกระทำการแทนจำเลยยกเลิกคำชี้แจงกรมสรรพากร ฉบับลงวันที่ 2 ตุลาคม 2549 แล้วมีคำชี้แจงกรมสรรพากรฉบับใหม่ลงวันที่ 25 เมษายน 2550 เพื่อให้สอดคล้องกับพระราชกฤษฎีกาฉบับดังกล่าว มาตรา 2 และมาตรา 3 (1) โดยชี้แจงให้ทราบว่า โครงการที่จะได้รับสิทธิประโยชน์ตามพระราชกฤษฎีกาฉบับดังกล่าว ต้องเป็นโครงการที่จัดทำเป็นโครงการที่มีมูลค่าตั้งแต่ 5,000,000 บาทขึ้นไป ตั้งแต่วันที่ 14 กรกฎาคม 2549 เป็นต้นไป ซึ่งเป็นวันที่พระราชกฤษฎีกาฉบับดังกล่าวมีผลใช้บังคับ จึงไม่ขัดหรือแย้งกับพระราชกฤษฎีกาและประกาศอธิบดีกรมสรรพากรฉบับดังกล่าว การที่โจทก์นำรายจ่ายตามโครงการลงทุนทั้งสองโครงการที่เกิดขึ้นก่อนวันที่พระราชกฤษฎีกาฉบับดังกล่าวมีผลบังคับใช้ มาถือเป็นรายจ่ายในการคำนวณกำไรสุทธิเพื่อเสียภาษีเงินได้นิติบุคคลในรอบระยะเวลาบัญชีระหว่างวันที่ 1 มกราคม 2549 ถึงวันที่ 31 ธันวาคม 2549 เป็นเงินจำนวน 510,095,453.13 บาท โจทก์จึงไม่ได้รับสิทธิประโยชน์ที่จะได้รับยกเว้นภาษีเงินได้ที่เก็บจากบริษัทหรือห้างหุ้นส่วนนิติบุคคลตามพระราชกฤษฎีกาฉบับดังกล่าว นั้น เมื่อข้อเท็จจริงฟังเป็นยุติตามที่ศาลภาษีอากรกลางวินิจฉัยโดยโจทก์และจำเลยไม่โต้แย้งว่า โครงการปรับปรุงคุณภาพน้ำมันเชื้อเพลิง และโครงการปรับปรุงถัง P-915 B ของโจทก์ เข้าหลักเกณฑ์ในการที่จะได้รับสิทธิประโยชน์ทางภาษีตามพระราชกฤษฎีกา ออกตามความในประมวลรัษฎากรว่าด้วยการยกเว้นรัษฎากร (ฉบับที่ 460) พ.ศ.2549 และประกาศอธิบดีกรมสรรพากรเกี่ยวกับภาษีเงินได้ (ฉบับที่ 156) เรื่อง กำหนดหลักเกณฑ์ วิธีการ และเงื่อนไขการยกเว้นภาษีเงินได้นิติบุคคลให้แก่ บริษัทที่มีหลักทรัพย์จดทะเบียนในตลาดหลักทรัพย์แห่งประเทศไทย ตามกฎหมายว่าด้วยหลักทรัพย์และตลาดหลักทรัพย์ สำหรับเงินได้ที่ได้จ่ายเพื่อการลงทุน หรือการต่อเติม เปลี่ยนแปลง ขยายออกหรือทำให้ดีขึ้นซึ่งทรัพย์สิน แต่ไม่ใช่เป็นการซ่อมแซมให้คงสภาพเดิม ตามมาตรา 65 ตรี (5) แห่งประมวลรัษฎากร ลงวันที่ 15 กันยายน 2549 คงมีปัญหาโต้แย้งกันในชั้นอุทธรณ์แต่เพียงว่า โจทก์จะนำรายจ่ายจากโครงการปรับปรุงคุณภาพน้ำมันเชื้อเพลิง และโครงการปรับปรุงถัง P-915 B ที่เกิดขึ้นก่อนวันที่ 14 กรกฎาคม 2549 มายกเว้นภาษีเงินได้ที่เก็บจากบริษัทหรือห้างหุ้นส่วนนิติบุคคลตามพระราชกฤษฎีกาออกตามความในประมวลรัษฎากร ว่าด้วยการยกเว้นรัษฎากร (ฉบับที่ 460) พ.ศ.2549 มาตรา 3 (1) ได้หรือไม่ โดยพระราชกฤษฎีกาฉบับดังกล่าว มาตรา 3 บัญญัติว่า “ให้ยกเว้นภาษีเงินได้ตามส่วน 3 หมวด 3 ในลักษณะ 2 แห่งประมวลรัษฎากร ให้แก่ (1) บริษัทที่มีหลักทรัพย์จดทะเบียนในตลาดหลักทรัพย์แห่งประเทศไทยตามกฎหมาย ว่าด้วยหลักทรัพย์และตลาดหลักทรัพย์ สำหรับเงินได้ที่ได้จ่ายเพื่อการลงทุนหรือการต่อเติม เปลี่ยนแปลง ขยายออก หรือทำให้ดีขึ้นซึ่งทรัพย์สิน แต่ไม่ใช่เป็นการซ่อมแซมให้คงสภาพเดิม ตามมาตรา 65 ตรี (5) แห่งประมวลรัษฎากร เป็นจำนวนร้อยละยี่สิบห้าของเงินได้ที่ได้จ่ายไปนั้น โดยการดำเนินการดังกล่าวต้องเกี่ยวเนื่องกับธุรกิจหลักของกิจการและจัดทำเป็นโครงการที่มีมูลค่าตั้งแต่ห้าล้านบาทขึ้นไป ทั้งนี้ ตามหลักเกณฑ์ วิธีการ และเงื่อนไขที่อธิบดีกรมสรรพากรประกาศกำหนด” และวรรคสอง บัญญัติว่า “เงินได้ที่จ่ายตามวรรคหนึ่ง ต้องจ่ายภายในห้ารอบระยะเวลาบัญชีนับแต่รอบระยะเวลาบัญชีที่เริ่มในหรือหลังวันที่ 1 มกราคม พ.ศ.2549 เป็นต้นไป”
ศาลฎีกาแผนกคดีภาษีอากร เห็นว่า แม้พระราชกฤษฎีกาฉบับดังกล่าว มาตรา 2 จะบัญญัติว่า “พระราชกฤษฎีกานี้ให้ใช้บังคับตั้งแต่วันถัดจากวันประกาศในราชกิจจานุเบกษาเป็นต้นไป ซึ่งพระราชกฤษฎีกาฉบับดังกล่าวประกาศในราชกิจจานุเบกษา เมื่อวันที่ 13 กรกฎาคม2549 จึงมีผลใช้บังคับตั้งแต่วันที่ 14 กรกฎาคม 2549 เป็นต้นไป แต่ตามความในมาตรา 3 (1) วรรคสอง แห่งพระราชกฤษฎีกาฉบับดังกล่าวที่บัญญัติว่า “เงินได้ที่ได้จ่ายตามวรรคหนึ่ง ต้องจ่ายภายในห้ารอบระยะเวลาบัญชีนับแต่รอบระยะเวลาบัญชีที่เริ่มในหรือหลังวันที่ 1 มกราคม พ.ศ.2549 เป็นต้นไป” โดยไม่มีข้อความใดในพระราชกฤษฎีกาฉบับดังกล่าวที่บัญญัติว่า เงินได้ที่จ่ายตามมาตรา 3 (1) วรรคหนึ่ง ที่จะได้รับการยกเว้นภาษีเงินได้ตามส่วน 3 หมวด 3 ในลักษณะ 2 แห่งประมวลรัษฎากร จะต้องเป็นเงินได้ที่ได้จ่ายหลังวันที่พระราชกฤษฎีกาฉบับนี้มีผลใช้บังคับ ทั้งประกาศอธิบดีกรมสรรพากรเกี่ยวกับภาษีเงินได้ (ฉบับที่ 156) ที่กำหนดหลักเกณฑ์ วิธีการ และเงื่อนไขการยกเว้นภาษีเงินได้นิติบุคคลให้แก่บริษัทที่มีหลักทรัพย์จดทะเบียนในตลาดหลักทรัพย์แห่งประเทศไทยตามกฎหมายว่าด้วยหลักทรัพย์และตลาดหลักทรัพย์ สำหรับเงินได้ที่ได้จ่ายเพื่อการลงทุน หรือการต่อเติมเปลี่ยนแปลง ขยายออก หรือทำให้ดีขึ้นซึ่งทรัพย์สิน แต่ไม่ใช่เป็นการซ่อมแซมให้คงสภาพเดิม ตามมาตรา 65 ตรี (5) แห่งประมวลรัษฎากร ลงวันที่ 15 กันยายน 2549 ซึ่งออกตามพระราชกฤษฎีกาฉบับดังกล่าว ก็กำหนดเงื่อนไขในข้อ 3 ไว้แต่เพียงว่าต้องเป็นโครงการที่มีมูลค่าตั้งแต่ห้าล้านบาทขึ้นไป เท่านั้น โดยไม่ได้ระบุว่าต้องเป็นเงินได้ที่ได้จ่ายหลังพระราชกฤษฎีกาฉบับดังกล่าวใช้บังคับ ดังนั้น เมื่อพระราชกฤษฎีกาฉบับดังกล่าวบัญญัติไว้เป็นที่ชัดเจนว่า เงินได้ที่จ่ายตามมาตรา 3 (1) วรรคหนึ่ง ต้องจ่าย..นับแต่รอบระยะเวลาบัญชีที่เริ่มในหรือหลังวันที่ 1 มกราคม พ.ศ.2549 เป็นต้นไป เงินได้ที่ได้จ่าย ตามหลักเกณฑ์ที่ระบุไว้ตามพระราชกฤษฎีกาฉบับดังกล่าว มาตรา 3 (1) และได้จ่ายนับแต่รอบระยะเวลาบัญชีที่เริ่มในหรือหลังวันที่ 1 มกราคม 2549 เป็นต้นไป แม้ก่อนวันที่ 14 กรกฎาคม 2549 ซึ่งเป็นวันที่พระราชกฤษฎีกาฉบับดังกล่าวมีผลใช้บังคับ ย่อมได้รับยกเว้นภาษีเงินได้ตามส่วน 3 หมวด 3 ในลักษณะ 2 แห่งประมวลรัษฎากรด้วย การที่อธิบดีกรมสรรพากรออกคำชี้แจงกรมสรรพากร เรื่อง การยกเว้นภาษีเงินได้นิติบุคคลให้แก่บริษัทที่มีหลักทรัพย์จดทะเบียนในตลาดหลักทรัพย์แห่งประเทศไทย ตามกฎหมายว่าด้วยหลักทรัพย์และตลาดหลักทรัพย์ สำหรับเงินได้ที่ได้จ่ายเพื่อการลงทุน หรือการต่อเติม เปลี่ยนแปลง ขยายออก หรือทำให้ดีขึ้นซึ่งทรัพย์สิน แต่ไม่ใช่เป็นการซ่อมแซมให้คงสภาพเดิม ตามมาตรา 65 ตรี (5) แห่งประมวลรัษฎากร ลงวันที่ 25 เมษายน 2550 ข้อ 2. ที่กำหนดว่า ผู้ที่ได้รับสิทธิประโยชน์ทางภาษีตามพระราชกฤษฎีกาฉบับดังกล่าว จะต้องมีการจัดทำโครงการการลงทุนของบริษัทในทรัพย์สินที่เกี่ยวเนื่องกับการดำเนินธุรกิจหลักของกิจการ ไม่ว่าจะเป็นการลงทุนในทรัพย์สินใหม่ การต่อเติม เปลี่ยนแปลง ขยายออก หรือทำให้ดีขึ้นซึ่งทรัพย์สิน แต่มิใช่ซ่อมแซมให้คงสภาพเดิม ตามมาตรา 65 ตรี (5) แห่งประมวลรัษฎากร โดยต้องเป็นโครงการที่จัดทำเป็นโครงการที่มีมูลค่าตั้งแต่ 5 ล้านบาทขึ้นไป ตั้งแต่วันที่ 14 กรกฎาคม 2549 เป็นต้นไป ซึ่งเป็นวันที่พระราชกฤษฎีกาฯ (ฉบับที่ 460) พ.ศ.2549 มีผลใช้บังคับ จึงเป็นการออกคำชี้แจงที่ขัดแย้งกับพระราชกฤษฎีกาฉบับดังกล่าวในส่วนที่เกี่ยวกับโครงการที่จัดทำต้องเป็นโครงการตั้งแต่วันที่ 14 กรกฎาคม 2549 เป็นต้นไป ที่ศาลภาษีอากรกลางวินิจฉัยว่า โจทก์มีสิทธินำรายจ่ายตามโครงการปรับปรุงคุณภาพน้ำมัน และโครงการปรับปรุงถังน้ำมัน P-915 B จำนวน 510,095,453.13 บาท มายกเว้นภาษีเงินได้นิติบุคคล ตามพระราชกฤษฎีกา ออกตามความในประมวลรัษฎากร ว่าด้วยการยกเว้นรัษฎากร (ฉบับที่ 460) พ.ศ.2549 นั้น ศาลฎีกาแผนกคดีภาษีอากรเห็นพ้องด้วย อุทธรณ์ของจำเลยฟังไม่ขึ้น
พิพากษาแก้เป็นว่า ให้แก้ไขหนังสือแจ้งคืนเงินภาษีอากร ค.20 เลขที่ 02015090/02/0089 ลงวันที่ 4 กุมภาพันธ์ 2552 เป็นให้คืนเงินค่าภาษีอากรแก่โจทก์จำนวน 385,302,360.55 บาท โดยให้จำเลยคืนเงินส่วนต่างที่จำเลยได้รับจากโจทก์จำนวน 50,501,528.22 บาท พร้อมดอกเบี้ยในอัตราร้อยละ 1 ต่อเดือน หรือเศษของเดือนของเงินภาษีอากรจำนวน 50,501,528.22 บาท ที่ได้รับคืนโดยไม่คิดทบต้น นับแต่วันที่ 20 มีนาคม 2552 จนถึงวันฟ้องต้องไม่เกิน 25,755,779.39 บาท และจนกว่าจำเลยจะชำระแก่โจทก์เสร็จ แต่ดอกเบี้ยที่ให้มิให้เกินกว่าจำนวนเงินภาษีอากรที่ได้รับคืน ค่าฤชาธรรมเนียมทั้งสองศาลให้เป็นพับ นอกจากที่แก้ให้เป็นไปตามคำพิพากษาศาลภาษีอากรกลาง
