แหล่งที่มา : สำนักวิชาการ
ย่อสั้น
การที่โจทก์คืนเงินภาษีมูลค่าเพิ่มให้แก่จำเลยโดยอาศัย ป.รัษฎากร จึงเป็นกรณีที่จำเลยได้เงินภาษีมูลค่าเพิ่มคืนไปโดยมีมูลอันจะอ้างกฎหมายได้ในขณะรับเงินนั้น การที่โจทก์ฟ้องเรียกภาษีคืนจึงมิใช่ฟ้องเรียกคืนในฐานลาภมิควรได้อันอยู่ในบังคับจะใช้อายุความ 1 ปี นับแต่โจทก์รู้ว่ามีสิทธิเรียกคืนตาม ป.พ.พ. มาตรา 419 คดีโจทก์จึงไม่ขาดอายุความ
กรณีที่จำเลยเป็นผู้ประกอบการจดทะเบียนซึ่งประกอบกิจการทั้งประเภทที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มคือระบบถนนยกระดับและการใช้ประโยชน์จากพื้นที่ของการรถไฟแห่งประเทศไทย กับประเภทที่ไม่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มคือระบบรถไฟชุมชนซึ่งได้รับยกเว้นภาษีมูลค่าเพิ่มตาม ป.รัษฎากร มาตรา 81 (1) (ณ) จำเลยต้องปฏิบัติตามเงื่อนไขของมาตรา 82/6 ประกอบประกาศอธิบดีกรมสรรพากร เกี่ยวกับภาษีมูลค่าเพิ่ม (ฉบับที่ 29) เรื่อง กำหนดหลักเกณฑ์ วิธีการ และเงื่อนไขการเฉลี่ยภาษีซื้อตาม ป.รัษฎากร มาตรา 82/6 ลงวันที่ 9 มีนาคม 2535 ซึ่งหลักการสำคัญของการเฉลี่ยภาษีซื้อนั้นมีหลักเกณฑ์ วิธีการ และเงื่อนไขให้ผู้ประกอบการจะต้องยื่นแบบแจ้งรายการเพื่อขอเฉลี่ยภาษีซื้อต่อโจทก์ หากไม่ยื่นแบบแจ้งรายการจะมีผลให้ไม่มีสิทธิขอคืนหรือขอเครดิตภาษีซื้อที่เกิดจากการก่อสร้างดังกล่าว ประกอบกับหลักเกณฑ์ วิธีการ และเงื่อนไขที่อธิบดีกำหนดนั้นจำเลยต้องแจ้งรายการวันที่ก่อสร้างอาคารเสร็จสมบูรณ์ภายใน 30 วัน นับแต่วันที่ก่อสร้างอาคารเสร็จสมบูรณ์และแจ้งรายการเกี่ยวกับการเริ่มใช้อาคารไม่ว่าทั้งหมดหรือบางส่วนภายใน 30 วัน นับแต่วันเริ่มใช้อาคารไม่ว่าทั้งหมดหรือบางส่วน โดยจะต้องแจ้งภายใน 30 วัน นับแต่วันเริ่มใช้อาคารด้วย ดังนั้น เงื่อนไขที่จำเลยจะนำภาษีซื้อเกิดจากการก่อสร้างดังกล่าวมาขอคืนหรือขอเครดิตได้ต้องมีวันที่ก่อสร้างอาคารเสร็จสมบูรณ์และวันที่เริ่มใช้อาคาร เมื่อปรากฏว่าจำเลยถูกบอกเลิกสัญญาสัมปทาน จึงยังไม่มีวันที่ก่อสร้างอาคารเสร็จสมบูรณ์และวันที่เริ่มใช้อาคารดังกล่าว จำเลยจึงไม่มีสิทธิเฉลี่ยภาษีซื้อที่จะนำไปหักออกจากภาษีขายในการคำนวณภาษีมูลค่าเพิ่มตาม ป.รัษฎากร มาตรา 82/3
สัญญาสัมปทานข้อ 24.1 กำหนดให้บรรดาอาคาร สิ่งปลูกสร้างทั้งหมดที่จำเลยก่อสร้างขึ้นในพื้นที่สัมปทาน รวมถึงทางรถไฟ ถนนยกระดับและทางเชื่อมกับถนนที่มีอยู่เดิมตามสัญญานี้ให้ตกเป็นทรัพย์สินของการรถไฟแห่งประเทศไทยทันทีที่ก่อสร้าง การโอนกรรมสิทธิ์ในสิ่งปลูกสร้างดังกล่าวถือเป็นการขาย และเป็นการขายที่กระทำภายใน 3 ปี นับแต่เดือนภาษีที่ก่อสร้างเสร็จสมบูรณ์ ภาษีซื้อที่เกิดจากการก่อสร้างดังกล่าวของจำเลยจึงเป็นภาษีซื้อต้องห้ามตาม ป.รัษฎากร มาตรา 82/5 (6) ประกอบประกาศอธิบดีกรมสรรพากร เกี่ยวกับภาษีมูลค่าเพิ่ม (ฉบับที่ 42)
ย่อยาว
โจทก์ฟ้องขอให้บังคับจำเลยคืนเงิน 338,737,204.86 บาท พร้อมดอกเบี้ยอัตราร้อยละ 7.5 ต่อปี นับตั้งแต่วันที่ 27 ตุลาคม 2540 เป็นต้นไปจนกว่าชำระเสร็จ และคืนเงิน 8,539,173.94 บาท พร้อมดอกเบี้ยอัตราร้อยละ 7.5 ต่อปี นับตั้งแต่วันที่ 30 พฤศจิกายน 2540 เป็นต้นไปจนกว่าชำระเสร็จแก่โจทก์
จำเลยให้การว่า ขอให้ยกฟ้อง
ศาลภาษีอากรกลางพิพากษายกฟ้อง ให้โจทก์ใช้ค่าฤชาธรรมเนียมแทนจำเลย โดยกำหนดค่าทนายความให้ 30,000 บาท
โจทก์และจำเลยอุทธรณ์ต่อศาลฎีกา
ศาลฎีกาแผนกคดีภาษีอากรวินิจฉัย “…พิเคราะห์แล้ว ข้อเท็จจริงที่คู่ความไม่โต้เถียงกันฟังยุติได้ว่า เมื่อวันที่ 9 พฤศจิกายน 2533 จำเลยได้สิทธิตามสัญญาสัมปทานระบบการขนส่งรถไฟฟ้าชุมชนและถนนยกระดับในกรุงเทพมหานครและการใช้ประโยชน์จากที่ดินของการรถไฟแห่งประเทศไทยจากกระทรวงคมนาคมและการรถไฟแห่งประเทศไทย โดยจำเลยมีสิทธิและอำนาจหน้าที่เป็นระยะเวลา 30 ปี นับแต่วันที่สัญญามีผลบังคับ จำเลยสามารถกำหนดและเรียกเก็บค่าโดยสารรถไฟชุมชนคือรถไฟที่จำเลยนำมาใช้บริการขนส่งผู้โดยสารบนทางยกระดับตามสัญญาสัมปทาน และเรียกเก็บค่าผ่านทางจากยานพาหนะที่เข้าไปใช้ถนนยกระดับตามสัญญาสัมปทาน ตลอดจนใช้ประโยชน์ในที่ดินของการรถไฟแห่งประเทศไทยเพื่อใช้ในการก่อสร้างระบบรวมและการพัฒนาและหารายได้ เมื่อวันที่ 29 กันยายน 2535 จำเลยยื่นคำขอจดทะเบียนเป็นผู้ประกอบการภาษีมูลค่าเพิ่มโดยแจ้งวันเริ่มประกอบการวันที่ 6 ธันวาคม 2534 ระบุในคำขอว่ายังไม่มีรายรับ ขอเข้าระบบภาษีมูลค่าเพิ่มโดยคำนวณจากภาษีขายหักด้วยภาษีซื้อ จำเลยได้ก่อสร้างฐานรากและเสาของระบบการเดินรถไฟชุมชนและระบบขนส่งทางถนนยกระดับโดยใช้ฐานรากและเสาร่วมกันทั้งสองระบบ ในขณะก่อสร้างดังกล่าวจำเลยได้ยื่นแบบแสดงรายการภาษีมูลค่าเพิ่มหลายฉบับ โดยแต่ละฉบับไม่มีภาษีขาย แต่มีภาษีซื้อของวัสดุอุปกรณ์ที่จำเลยซื้อมาใช้ในการก่อสร้างฐานรากและเสาทั้งสองระบบ รวมเป็นเงินที่จำเลยขอคืน 528,360,932.30 บาท เจ้าพนักงานของโจทก์อนุมัติให้คืนภาษีมูลค่าเพิ่มจำนวน 347,276,378.80 บาท แก่จำเลย และจำเลยได้รับเงินจำนวนดังกล่าวไปแล้ว
มีปัญหาต้องวินิจฉัยตามอุทธรณ์ของโจทก์ในประการแรกว่า คดีโจทก์ขาดอายุความฟ้องร้องตามประมวลกฎหมายแพ่งและพาณิชย์ มาตรา 419 หรือไม่ โดยโจทก์อุทธรณ์ว่า การฟ้องเรียกคืนภาษีมูลค่าเพิ่มจากจำเลยในคดีนี้มิใช่เป็นการเรียกคืนในฐานลาภมิควรได้ แต่เป็นการใช้สิทธิเรียกร้องเงินค่าภาษีคืนจากจำเลยตามประมวลรัษฎากร ซึ่งมีอายุความ 10 ปี ตามประมวลกฎหมายแพ่งและพาณิชย์ มาตรา 193/31 นั้น ศาลฎีกาแผนกคดีภาษีอากรเห็นว่า จำเลยได้จดทะเบียนภาษีมูลค่าเพิ่มเป็นผู้ประกอบการ ได้ยื่นแบบแสดงรายการเสียภาษีโดยคำนวณจากภาษีขายหักด้วยภาษีซื้อในแต่ละเดือนภาษี และแสดงรายการว่ามีภาษีซื้อมากกว่าภาษีขาย มีสิทธิได้รับคืนภาษี การที่โจทก์คืนเงินภาษีจำนวนดังกล่าวให้แก่จำเลยก็โดยอาศัยประมวลรัษฎากรเป็นหลัก จึงเป็นการที่จำเลยได้เงินภาษีมูลค่าเพิ่มคืนไปโดยมีมูลอันจะอ้างกฎหมายได้ในขณะรับเงินนั้น ซึ่งไม่ใช่เรื่องจำเลยได้เงินมาโดยปราศจากมูลอันจะอ้างกฎหมายได้ และจำเลยเองก็ให้การและนำสืบโต้แย้งว่าโจทก์ต้องคืนภาษีดังกล่าวให้แก่จำเลยตามประมวลรัษฎากร ฉะนั้น การที่โจทก์ฟ้องเรียกภาษีคืนในคดีนี้จึงมิใช่ฟ้องเรียกคืนในฐานลาภมิควรได้อันอยู่ในบังคับจะใช้อายุความ 1 ปี นับแต่โจทก์รู้ว่ามีสิทธิเรียกคืนตามประมวลกฎหมายแพ่งและพาณิชย์ มาตรา 419 คดีของโจทก์จึงไม่ขาดอายุความ ที่ศาลภาษีอากรกลางพิพากษามานั้น ศาลฎีกาแผนกคดีภาษีอากรไม่เห็นพ้องด้วย อุทธรณ์ข้อนี้ของโจทก์ฟังขึ้น
มีปัญหาต้องวินิจฉัยตามอุทธรณ์ของจำเลยว่า จำเลยเป็นผู้ประกอบการการให้บริการขนส่งในราชอาณาจักรซึ่งได้รับยกเว้นภาษีมูลค่าเพิ่มตามมาตรา 81 (1) (ณ) แห่งประมวลรัษฎากรหรือไม่ เห็นว่า การประกอบกิจการของจำเลยต้องด้วยบทนิยามคำว่าบริการ ตามมาตรา 77/1 (10) แห่งประมวลรัษฎากร ซึ่งบัญญัติว่า บริการ หมายความว่า การกระทำใด ๆ อันหาประโยชน์อันมีมูลค่าซึ่งมิใช่เป็นการขายสินค้า และให้หมายความรวมถึงการใช้บริการของตนเอง ไม่ว่าด้วยประการใดๆ ฯลฯ และตามมาตรา 77/1 (5) บัญญัติความหมายของคำว่าผู้ประกอบการ หมายความว่า บุคคลซึ่งขายสินค้าหรือให้บริการในทางธุรกิจหรือวิชาชีพ ไม่ว่าการกระทำดังกล่าวจะได้รับประโยชน์หรือได้รับค่าตอบแทนหรือไม่ และไม่ว่าจะได้จดทะเบียนภาษีมูลค่าเพิ่มแล้วหรือไม่ การพิจารณาว่าจำเลยเป็นผู้ประกอบการกิจการใดบ้าง ต้องพิจารณาตามสภาพความเป็นจริงของการประกอบกิจการนั้น ๆ ดังนั้น ที่จำเลยอุทธรณ์ว่า การพิจารณากิจการตามสัญญาสัมปทานต้องพิจารณารวมทั้งระบบ ไม่อาจพิจารณาแบ่งแยกแต่ละประเภทกิจการได้นั้น ฟังไม่ขึ้น และเมื่อได้พิจารณาถึงการที่จำเลยยื่นคำขอจดทะเบียนภาษีมูลค่าเพิ่มโดยระบุประเภทของสินค้าและหรือบริการของกิจการที่ประกอบเป็นส่วนใหญ่ 1. ประกอบกิจการรถไฟชุมชน 2. ระบบขนส่งทางถนน และ 3. ใช้ประโยชน์จากที่ดินของการรถไฟแห่งประเทศไทย แสดงให้เห็นได้ว่าเป็นกรณีที่จำเลยจดทะเบียนประกอบกิจการทั้งประเภทที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มและประเภทที่ไม่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม ดังนั้น การที่โจทก์รับจดทะเบียนภาษีมูลค่าเพิ่มตามที่จำเลยยื่นคำร้องขอจดทะเบียนภาษีมูลค่าเพิ่มมิใช่เป็นข้อยืนยันว่าจำเลยมิได้ประกอบกิจการการให้บริการขนส่งในราชอาณาจักร และการที่โจทก์ตรวจคืนภาษีมูลค่าเพิ่มให้จำเลยถึง 70 ครั้ง ก็โดยการตรวจตามหลักฐานการขอคืนภาษีมูลค่าเพิ่มของจำเลย โดยโจทก์เข้าใจว่าจำเลยมีสิทธิขอคืนภาษีซื้อที่นำมาก่อสร้างระบบการเดินรถไฟชุมชนและระบบขนส่งทางถนนยกระดับ การที่โจทก์คืนภาษีมูลค่าเพิ่มให้แก่จำเลยดังกล่าว ก็ไม่อาจถือได้ว่าจำเลยไม่ได้ประกอบกิจการประเภทการให้บริการขนส่งในราชอาณาจักรด้วยเช่นกัน ข้อนี้ศาลภาษีอากรกลางพิพากษาชอบแล้ว อุทธรณ์ของจำเลยฟังไม่ขึ้น
มีปัญหาต้องวินิจฉัยตามอุทธรณ์ของโจทก์และจำเลยต่อไปว่า จำเลยต้องเฉลี่ยภาษีซื้อที่นำมาหักออกจากภาษีขายในการคำนวณภาษีมูลค่าเพิ่มตามหลักเกณฑ์ วิธีการ และเงื่อนไขที่อธิบดีกรมสรรพากรกำหนดหรือไม่ และจำเลยนำใบกำกับภาษีซื้อดังกล่าวไปใช้ในการคำนวณภาษีมูลค่าเพิ่มได้หรือไม่ เห็นว่า กรณีของจำเลยเป็นผู้ประกอบการจดทะเบียนซึ่งประกอบกิจการทั้งประเภทที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มคือระบบถนนยกระดับและการใช้ประโยชน์จากพื้นที่ของการรถไฟแห่งประเทศไทย กับประเภทที่ไม่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มคือระบบรถไฟชุมชน ซึ่งได้รับยกเว้นภาษีมูลค่าเพิ่มตามมาตรา 81 (1) (ณ) แห่งประมวลรัษฎากร จำเลยต้องปฏิบัติตามเงื่อนไขของมาตรา 82/6 แห่งประมวลรัษฎากรซึ่งบัญญัติว่า ในกรณีที่ผู้ประกอบการจดทะเบียนประกอบกิจการทั้งประเภทที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มและประเภทที่ไม่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม และผู้ประกอบการจดทะเบียนได้นำสินค้าหรือบริการที่ได้มาหรือได้รับมาในการประกอบกิจการของตนเองไปใช้หรือจะใช้ในกิจการทั้งสองประเภท ให้ผู้ประกอบการจดทะเบียนนั้นเฉลี่ยภาษีซื้อที่จะนำมาหักออกจากภาษีขายในการคำนวณภาษีมูลค่าเพิ่มตามมาตรา 82/3 ตามหลักเกณฑ์ วิธีการและเงื่อนไขที่อธิบดีกำหนด อธิบดีกรมสรรพากรอาศัยอำนาจตามมาตราดังกล่าวกำหนดหลักเกณฑ์ วิธีการเฉลี่ยภาษีซื้อไว้ตามประกาศอธิบดีกรมสรรพากรเกี่ยวกับภาษีมูลค่าเพิ่ม (ฉบับที่ 29) เรื่อง กำหนดหลักเกณฑ์ วิธีการ และเงื่อนไขการเฉลี่ยภาษีซื้อตามมาตรา 82/6 แห่งประมวลรัษฎากร ลงวันที่ 9 มีนาคม 2535 กรณีการเฉลี่ยภาษีซื้ออันเกิดจากการก่อสร้างอาคารเพื่อใช้ในการประกอบกิจการของตนเอง ซึ่งเป็นกิจการประเภทที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มและกิจการประเภทอื่น และกรณีผู้ประกอบการไม่สามารถแยกได้อย่างชัดแจ้งว่าภาษีซื้อที่เกิดขึ้นจากสินค้าหรือบริการดังกล่าวเป็นภาษีซื้อของกิจการประเภทใด ให้เฉลี่ยภาษีซื้อตามส่วนของรายได้ของแต่ละกิจการดังนี้
“ข้อ 5. กรณีภาษีซื้อที่เกิดจากการก่อสร้างอาคารเพื่อใช้ในการประกอบกิจการของตนเองซึ่งเป็นกิจการประเภทที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มและเพื่อการอื่น ให้ผู้ประกอบการจดทะเบียนเฉลี่ยภาษีซื้อ ดังนี้
(1) ให้ประมาณการการใช้พื้นที่อาคารเพื่อใช้ในการประกอบกิจการของตนเองซึ่งเป็นกิจการประเภทที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มและเพื่อการอื่น โดยให้ผู้ประกอบการจดทะเบียนเฉลี่ยภาษีซื้อตามส่วนของประมาณการการใช้พื้นที่อาคารดังกล่าว และให้นำภาษีซื้อที่เฉลี่ยได้ตามส่วนของประมาณการการใช้พื้นที่อาคารเพื่อใช้ในการประกอบกิจการของตนเอง ซึ่งเป็นกิจการประเภทที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มมาหักออกจากภาษีขาย
ให้ผู้ประกอบการจดทะเบียนเฉลี่ยภาษีซื้อตามส่วนของประมาณการการใช้พื้นที่อาคารตามเกณฑ์ในวรรคหนึ่ง ตั้งแต่เดือนภาษีแรกที่มีภาษีซื้อจากการก่อสร้างอาคารเกิดขึ้นถึงเดือนภาษีก่อนมีกรณีการใช้พื้นที่อาคารตรงตามที่ได้ประมาณการไว้ตาม (2) (ก) หรือถึงเดือนภาษีก่อนมีกรณีตาม (2) (ข)
(2) เมื่อการก่อสร้างอาคารเสร็จสมบูรณ์ ให้ผู้ประกอบการจดทะเบียนปฏิบัติดังนี้
(ก) ในกรณีผู้ประกอบการจดทะเบียนยังมิได้ใช้พื้นที่อาคารหรือได้ใช้พื้นที่อาคารตรงตามที่ประมาณการไว้ หรือได้ใช้พื้นที่อาคารแล้วแต่ยังไม่เกินกว่าที่ได้ประมาณการไว้ในแต่ละส่วน ผู้ประกอบการจดทะเบียนไม่ต้องปรับปรุงภาษีซื้อที่เฉลี่ยได้
(ข) ในกรณีผู้ประกอบการจดทะเบียนได้ใช้พื้นที่อาคารไม่ตรงตามที่ได้ประมาณการไว้เป็นครั้งแรกในเดือนภาษีใด อันเป็นเหตุให้ภาษีซื้อที่เฉลี่ยได้เปลี่ยนแปลงไปให้ผู้ประกอบการจดทะเบียนคำนวณภาษีซื้อที่หักได้จริงตามส่วนของการใช้พื้นที่อาคารเพื่อใช้ในการประกอบกิจการของตนเองซึ่งเป็นกิจการประเภทที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม และให้ปรับปรุงภาษีซื้อที่ได้นำมาหักออกจากภาษีขายแล้วตามหลักเกณฑ์ตาม (3)
(3) การปรับปรุงภาษีซื้อตาม (2) (ข) ให้กระทำในเดือนภาษีแรกที่ได้ใช้พื้นที่อาคารไม่ตรงตามที่ได้ประมาณการไว้ โดยให้ปรับปรุงตั้งแต่เดือนภาษีแรกที่มีภาษีซื้อจากการก่อสร้างอาคารเกิดขึ้นถึงเดือนภาษีก่อนเดือนภาษีที่ได้ใช้พื้นที่อาคารดังกล่าว ดังนี้
(ก) ในกรณีภาษีซื้อที่เฉลี่ยได้และได้นำมาหักออกจากภาษีขายแล้วมีจำนวนเกินกว่าภาษีซื้อที่หักได้จริง ให้ผู้ประกอบการจดทะเบียนชำระภาษีซื้อส่วนที่เกินนั้น พร้อมกับยื่นแบบแสดงรายการภาษีมูลค่าเพิ่มเป็นรายเดือนภาษีทุกเดือน เดือนละ 1 ฉบับ ภายในวันที่ 15 ของเดือนถัดจากเดือนภาษีที่มีการปรับปรุงภาษีซื้อ และให้นำภาษีซื้อส่วนที่เกินนั้นซึ่งยังมิได้นำไปรวมคำนวณเป็นมูลค่าต้นทุนของทรัพย์สินหรือรายจ่ายของกิจการไปรวมเป็นมูลค่าของต้นทุนของทรัพย์สินหรือรายจ่ายของกิจการในปีที่เกี่ยวข้อง
(ข) ในกรณีภาษีซื้อที่เฉลี่ยได้และได้นำมาหักออกจากภาษีขายแล้วมีจำนวนน้อยกว่าภาษีซื้อที่หักได้จริง ให้ผู้ประกอบการจดทะเบียนยื่นคำร้องขอคืนภาษีซื้อส่วนที่ขาดนั้นตามแบบที่อธิบดีกรมสรรพากรกำหนด และให้นำภาษีซื้อส่วนที่ขาดซึ่งได้นำไปรวมคำนวณเป็นมูลค่าต้นทุนของทรัพย์สินหรือรายจ่ายของกิจการแล้วไปหักออกจากมูลค่าต้นทุนของทรัพย์สินหรือรายจ่ายของกิจการในปีที่เกี่ยวข้อง
(4) สำหรับเดือนภาษีนับแต่เดือนภาษีที่มีกรณีการใช้พื้นที่อาคารตรงตามที่ได้ประมาณการไว้ตาม (2) (ก) หรือมีกรณีตาม (2) (ข) เป็นต้นไป หากมีภาษีซื้อจากการก่อสร้างอาคารเกิดขึ้นอีก ให้ผู้ประกอบการจดทะเบียนเฉลี่ยภาษีซื้อดังกล่าวตามส่วนของการใช้พื้นที่อาคารเพื่อใช้ในการประกอบกิจการของตนเองซึ่งเป็นกิจการประเภทที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มตามที่เกิดขึ้นจริงในแต่ละเดือนภาษี
(5) ภายในกำหนดเวลา 3 ปี นับแต่เดือนภาษีที่ก่อสร้างอาคารเสร็จสมบูรณ์ หากมีการเปลี่ยนแปลงการใช้พื้นที่อาคารภายหลังจากที่ได้ใช้พื้นที่อาคารตรงตามที่ได้ประมาณการไว้ตาม (2) (ก) หรือภายหลังจากที่ได้มีการปรับปรุงภาษีซื้อจากการก่อสร้างอาคารตาม (2) (ข) แล้ว อันเป็นเหตุให้ภาษีซื้อที่เฉลี่ยได้ตามส่วนของการใช้พื้นที่อาคารเพื่อใช้ในการประกอบกิจการของตนเองซึ่งเป็นกิจการประเภทที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มเปลี่ยนแปลงไป ให้ผู้ประกอบการจดทะเบียนปรับปรุงภาษีซื้อตามที่คำนวณภาษีซื้อที่หักได้จริงตามส่วนของการใช้พื้นที่อาคารเพื่อใช้ในการประกอบกิจการของตนเองซึ่งเป็นกิจการประเภทที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มตามที่เกิดขึ้นจริง
การปรับปรุงภาษีซื้อตามวรรคหนึ่ง ให้กระทำทุกคราวในเดือนภาษีที่มีการเปลี่ยนแปลงการใช้พื้นที่อาคาร ทั้งนี้ ให้นำความใน (ก) และ (ข) ของ (2) ของข้อ 2 มาใช้บังคับโดยอนุโลม
(6) การปรับปรุงภาษีซื้อตามข้อนี้ ผู้ประกอบการจดทะเบียนต้องรับผิดเสียเบี้ยปรับและเงินเพิ่มตามมาตรา 89 และมาตรา 89/1 แห่งประมวลรัษฎากร
(7) ให้ผู้ประกอบการจดทะเบียนแจ้งรายการเกี่ยวกับการก่อสร้างอาคารและการใช้พื้นที่อาคารดังต่อไปนี้ต่ออธิบดีกรมสรรพากรตามแบบที่อธิบดีกรมสรรพากรกำหนด ณ สำนักงานสรรพากรพื้นที่สาขาในเขตท้องที่ที่สถานประกอบการที่เป็นสำนักงานใหญ่ตั้งอยู่
(ก) รายการเกี่ยวกับการประมาณการการใช้พื้นที่อาคารเพื่อใช้ในการประกอบกิจการของตนเองซึ่งเป็นกิจการประเภทที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มและเพื่อการอื่น ภายใน 30 วันนับแต่วันที่เริ่มทำการก่อสร้างอาคารหรือวันที่ได้รับอนุมัติให้ทำการก่อสร้างอาคาร แล้วแต่วันใดจะเกิดขึ้นก่อน ในกรณีที่ได้ทำการก่อสร้างอาคารมาแล้วก่อนวันที่ 1 มกราคม พ.ศ. 2535 ให้แจ้งรายการเกี่ยวกับการประมาณการการใช้พื้นที่อาคารดังกล่าวภายในวันที่ 30 เมษายน พ.ศ. 2535
(ข) วันที่ก่อสร้างอาคารเสร็จสมบูรณ์ ภายใน 30 วัน นับแต่วันที่ก่อสร้างอาคารเสร็จสมบูรณ์
(ค) รายการเกี่ยวกับการเริ่มใช้อาคารไม่ว่าทั้งหมดหรือบางส่วน ภายใน 30 วัน นับแต่วันเริ่มใช้อาคารทั้งหมดหรือบางส่วน
(ง) รายการที่เกี่ยวกับการใช้พื้นที่อาคารที่เปลี่ยนแปลง ภายใน 30 วัน นับแต่วันที่มีการเปลี่ยนแปลงการใช้พื้นที่อาคาร
ในกรณีที่ผู้ประกอบการจดทะเบียนมิได้แจ้งรายการตามวรรคหนึ่งโดยไม่มีเหตุอันสมควร มิให้ผู้ประกอบการจดทะเบียนนำภาษีซื้อที่เฉลี่ยได้ตามประกาศฉบับนี้มาหักออกจากภาษีขาย ทั้งนี้เว้นแต่อธิบดีกรมสรรพากรจะกำหนดเป็นอย่างอื่น…
ข้อ 7 ในกรณีที่มีปัญหาในการปฏิบัติ ให้อธิบดีกรมสรรพากรมีอำนาจวินิจฉัย และคำวินิจฉัยของอธิบดีกรมสรรพากรให้ถือเป็นหลักเกณฑ์ วิธีการ และเงื่อนไขที่กำหนดตามประกาศนี้ด้วย”
กรณีของจำเลยเป็นการก่อสร้างฐานรากและเสาซึ่งเป็นกิจการที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มและเพื่อกิจการอื่น จำเลยต้องปฏิบัติตามหลักเกณฑ์ วิธีการ และเงื่อนไขที่อธิบดีกำหนดดังกล่าวข้างต้น และการพิจารณาถึงประเภทของกิจการและรายได้ ต้องแยกพิจารณาว่าประเภทใดต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม ประเภทใดไม่อยู่ในบังคับต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มดังวินิจฉัยมาแล้วข้างต้น ที่จำเลยอุทธรณ์ว่า จำเลยไม่ต้องปฏิบัติตามประกาศอธิบดีกรมสรรพากร เกี่ยวกับภาษีมูลค่าเพิ่ม (ฉบับที่ 29 ) ดังกล่าว เนื่องจากกิจการตามสัญญาสัมปทานทั้งหมดที่จำเลยได้รับเป็นกิจการให้บริการ ซึ่งต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มทั้งหมดและไม่อาจแบ่งแยกแต่ละกิจการได้ จำเลยจึงมีสิทธิขอคืนภาษีมูลค่าเพิ่มได้นั้น ฟังไม่ขึ้น ส่วนที่จำเลยอุทธรณ์ว่า จำเลยสามารถแยกได้ชัดแจ้งว่าภาษีซื้อที่เกิดจากกิจการหรือบริการดังกล่าวเป็นภาษีซื้อของกิจการประเภทที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม โดยใช้วิธีคิดคำนวณตามสัดส่วนการรับแรงกระทำที่มีต่อโครงสร้างในแต่ละระบบ โดยบริษัท Ove Arup & Partners ซึ่งเป็นที่ปรึกษาอิสระได้คำนวณเชิงวิศวกรรมแบบโครงสร้างต่าง ๆ ตามสัญญาสัมปทาน ตลอดจนตัวเลขที่เกี่ยวข้องในโครงการนี้ได้รับความเห็นชอบของการรถไฟแห่งประเทศไทยแล้ว ตามเอกสารหมาย ล. 16 หน้า 40 จำเลยจึงมีสิทธิได้รับคืนภาษีซื้อในสัดส่วนอัตราร้อยละ 79.81 ของภาษีซื้อทั้งหมดที่ใช้ในกิจการนั้น เห็นว่า มาตรา 82/6 แห่งประมวลรัษฎากร ให้จำเลยเฉลี่ยภาษีซื้อที่จะนำมาหักออกจากภาษีขายในการคำนวณภาษีมูลค่าเพิ่มตามหลักเกณฑ์ วิธีการ และเงื่อนไขที่อธิบดีกำหนด คือประกาศอธิบดีกรมสรรพากร เกี่ยวกับภาษีมูลค่าเพิ่ม (ฉบับที่ 29) ซึ่งหลักการสำคัญของการเฉลี่ยภาษีซื้อนั้น มีหลักเกณฑ์ วิธีการ และเงื่อนไขให้ผู้ประกอบการจะต้องยื่นแบบแจ้งรายการเพื่อขอเฉลี่ยภาษีซื้อต่อกรมสรรพากร หากไม่ได้ยื่นแบบแจ้งรายการต่อกรมสรรพากรจะมีผลให้ไม่มีสิทธิขอคืนหรือขอเครดิตภาษีซื้อที่เกิดจากการก่อสร้างดังกล่าว และไม่ปรากฏว่าจำเลยได้ยื่นแบบแจ้งรายการประมาณการการใช้พื้นที่อาคารโดยจำเลยจะต้องแจ้งรายการภายใน 30 วันนับแต่วันเริ่มก่อสร้างอาคารหรือวันที่ได้รับอนุมัติให้ทำการก่อสร้างอาคาร แล้วแต่วันใดวันหนึ่งจะเกิดขึ้นก่อน ประกอบกับหลักเกณฑ์ วิธีการ และเงื่อนไขที่อธิบดีกำหนดนั้นจำเลยต้องแจ้งรายการวันที่ก่อสร้างอาคารเสร็จสมบูรณ์ ภายใน 30 วัน นับแต่วันที่ก่อสร้างอาคารเสร็จสมบูรณ์ และแจ้งรายการเกี่ยวกับการเริ่มใช้อาคาร ไม่ว่าทั้งหมดหรือบางส่วนภายใน 30 วัน นับแต่วันเริ่มใช้อาคารไม่ว่าทั้งหมดหรือบางส่วน โดยจะต้องแจ้งภายใน 30 วันนับแต่วันเริ่มใช้อาคารด้วย ดังนั้น เงื่อนไขที่จำเลยจะนำภาษีซื้อเกิดจากการก่อสร้างดังกล่าวมาขอคืนหรือขอเครดิตได้ต้องมีวันที่ก่อสร้างอาคารเสร็จสมบูรณ์และวันที่เริ่มใช้อาคาร แต่ข้อเท็จจริงปรากฏว่าจำเลยถูกบอกเลิกสัญญาสัมปทาน จึงยังไม่มีวันที่ก่อสร้างอาคารเสร็จสมบูรณ์และวันที่เริ่มใช้อาคารดังกล่าว จำเลยจึงไม่มีสิทธิเฉลี่ยภาษีซื้อที่จะนำไปหักออกจากภาษีขายในการคำนวณภาษีมูลค่าเพิ่มตามมาตรา 82/3 ได้ อุทธรณ์ข้อนี้ของจำเลยฟังไม่ขึ้น และการวินิจฉัยเงื่อนไขของประกาศอธิบดีกรมสรรพากรดังกล่าว เป็นข้ออ้างที่โจทก์ต้องอาศัยเป็นหลักแห่งข้อหาในฟ้อง จึงมิใช่กรณีศาลภาษีอากรกลางวินิจฉัยนอกประเด็นดังที่จำเลยอุทธรณ์โต้แย้ง จำเลยถูกยกเลิกสัญญาสัมปทาน ซึ่งยังไม่เป็นที่แน่นอนว่าจะมีวันที่ก่อสร้างอาคารเสร็จสมบูรณ์ จำเลยจึงไม่สามารถปฏิบัติตามประกาศอธิบดีกรมสรรพากร เกี่ยวกับภาษีมูลค่าเพิ่ม (ฉบับที่ 29) เรื่อง กำหนดหลักเกณฑ์ วิธีการ และเงื่อนไขการเฉลี่ยภาษีซื้อตามมาตรา 82/6 แห่งประมวลรัษฎากร จึงไม่จำต้องพิจารณาว่าหลักเกณฑ์การคำนวนทางวิศวกรรมที่จำเลยอ้างว่ามีภาษีซื้อที่เกิดจากกิจการประเภทที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มร้อยละ 79.81 เป็นการถูกต้องหรือไม่ เพียงใด เพราะการไม่ยื่นแบบแจ้งรายการตามหลักเกณฑ์ วิธีการ และเงื่อนไขที่อธิบดีกำหนดเป็นเหตุให้จำเลยไม่มีสิทธิขอคืนภาษีซื้อ อนึ่ง ที่จำเลยอุทธรณ์ว่า โจทก์เคยมีคำวินิจฉัยอนุมัติให้ยื่นแบบประมาณการการใช้พื้นที่อาคารภายใน 30 วันนับแต่ผู้ประกอบการได้รับหนังสือตอบของโจทก์ ตามเอกสารท้ายอุทธรณ์หมายเลข 1 การที่จำเลยจะไม่มีสิทธิเฉลี่ยภาษีซื้อตามประกาศอธิบดีกรมสรรพากรดังกล่าวจะต้องเป็นกรณีที่มิได้แจ้งโดยไม่มีเหตุอันสมควร เนื่องจากจำเลยเข้าใจมาตลอดว่ากิจการตามสัญญาสัมปทานทั้งหมดต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม และได้มีการขอคืนภาษีมูลค่าเพิ่มมาตลอด ในขณะเดียวกันโจทก์เองก็เข้าใจเช่นเดียวกับจำเลย จึงได้คืนภาษีให้แก่จำเลยมาตลอดจนถึงปี 2540 ดังนั้น การที่จำเลยไม่เคยแจ้งรายการเกี่ยวกับการก่อสร้างและการใช้พื้นที่ต่อกรมสรรพากรภายในวันที่ 30 เมษายน 2535 ตามข้อ 5 (7) (ก) ของประกาศอธิบดีกรมสรรพากรฉบับดังกล่าวจึงเป็นกรณีที่มีเหตุอันสมควร นั้น เห็นว่า การที่จำเลยมีเจตนาหลีกเลี่ยงการปฏิบัติตามหลักเกณฑ์ของมาตรา 82/6 แห่งประมวลรัษฎากรหรือไม่ และมีปัญหาในทางปฏิบัติ ซึ่งอธิบดีกรมสรรพากรมีอำนาจวินิจฉัย และคำวินิจฉัยของอธิบดีกรมสรรพากรให้ถือเป็นหลักเกณฑ์ วิธีการ และเงื่อนไขที่กำหนดไว้ตามประกาศดังกล่าวหรือไม่นั้น จำเลยไม่ได้กล่าวอ้างมาในคำให้การ จึงเป็นข้อที่ไม่ได้ยกขึ้นว่ากันมาแล้วโดยชอบในศาลภาษีอากรกลาง และมิใช่ปัญหาเกี่ยวด้วยความสงบเรียบร้อยของประชาชนหรือไม่สามารถยกขึ้นกล่าวในศาลภาษีอากรกลางได้ จึงต้องห้ามอุทธรณ์ตามพระราชบัญญัติจัดตั้งศาลภาษีอากรและวิธีพิจารณาคดีภาษีอากร พ.ศ. 2528 มาตรา 29 ประกอบประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความแพ่ง มาตรา 225 วรรคหนึ่ง ศาลฎีกาแผนกคดีภาษีอากรไม่รับวินิจฉัย
มีปัญหาต้องวินิจฉัยตามอุทธรณ์ของจำเลยในประการต่อไปว่า ภาษีซื้อของจำเลยเป็นภาษีซื้อต้องห้ามมิให้นำไปหักในการคำนวณภาษีตามมาตรา 82/5 (6) ประกอบประกาศอธิบดีกรมสรรพากรเกี่ยวกับภาษีมูลค่าเพิ่ม (ฉบับที่ 42 ) เรื่อง การกำหนดภาษีซื้อที่ไม่ให้นำไปหักในการคำนวณภาษีมูลค่าเพิ่มตามมาตรา 82/5 (6) แห่งประมวลรัษฎากร ลงวันที่ 19 ธันวาคม 2535 หรือไม่ เห็นว่า มาตรา 82/5 แห่งประมวลรัษฎากร บัญญัติว่า “ภาษีซื้อในกรณีดังต่อไปนี้ไม่ให้นำมาหักในการคำนวณภาษีตามมาตรา 82/3 ฯลฯ
(6) ภาษีซื้อตามที่อธิบดีกำหนดโดยอนุมัติรัฐมนตรี”
อธิบดีกรมสรรพากรอาศัยอำนาจตามความในมาตรา 82/5 (6) แห่งประมวลรัษฎากร โดยอนุมัติรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการคลัง กำหนดภาษีซื้อที่ไม่ให้นำไปหักในการคำนวณภาษีไว้ตามประกาศอธิบดีกรมสรรพากรเกี่ยวกับภาษีมูลค่าเพิ่ม (ฉบับที่ 42 ) เรื่อง การกำหนดภาษีซื้อที่ไม่ให้นำไปหักในการคำนวณภาษีมูลค่าเพิ่มตามมาตรา 82/5 (6) แห่งประมวลรัษฎากร ไว้ดังต่อไปนี้
“(4) ภาษีซื้อที่เกิดจากการก่อสร้างอาคารหรืออสังหาริมทรัพย์อื่น เพื่อใช้หรือจะใช้ในกิจการประเภทที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม และต่อมาได้ขายหรือให้เช่าหรือนำไปใช้ในกิจการประเภทที่ไม่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม ทั้งนี้ เฉพาะที่ได้กระทำภายใน 3 ปี นับแต่เดือนภาษีที่ก่อสร้างเสร็จสมบูรณ์”
ประกาศอธิบดีกรมสรรพากรฉบับดังกล่าวมีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันที่ 30 ธันวาคม 2535 เป็นต้นไป ดังนั้น เมื่อสัญญาสัมปทานข้อ 24.1 กำหนดว่า บรรดาอาคาร สิ่งปลูกสร้างทั้งหมดที่จำเลยก่อสร้างขึ้นในพื้นที่สัมปทาน รวมถึงทางรถไฟ ถนนยกระดับและทางเชื่อมกับถนนที่มีอยู่เดิมตามสัญญานี้ให้ตกเป็นทรัพย์สินของการรถไฟแห่งประเทศไทยทันทีที่ก่อสร้าง การโอนกรรมสิทธิในสิ่งปลูกสร้างดังกล่าวถือเป็นการขาย และเป็นการขายที่กระทำภายใน 3 ปี นับแต่เดือนภาษีที่ก่อสร้างเสร็จสมบูรณ์ ภาษีซื้อที่เกิดจากการก่อสร้างดังกล่าวของจำเลยจึงเป็นภาษีซื้อต้องห้ามตามมาตรา 82/5 (6) แห่งประมวลรัษฎากร ประกอบประกาศอธิบดีกรมสรรพากรเกี่ยวกับภาษีมูลค่าเพิ่ม (ฉบับที่ 42 ) ที่จำเลยอุทธรณ์ว่า จำเลยไม่เคยมีกรรมสิทธิ์ในสิ่งปลูกสร้าง จึงไม่เข้าลักษณะเป็นการโอนกรรมสิทธิ์ในสิ่งก่อสร้างภายใน 3 ปี นับแต่เดือนภาษีที่ก่อสร้างเสร็จสมบูรณ์นั้น เห็นว่า ตามสัญญาสัมปทานดังกล่าวแสดงให้เห็นอยู่ในตัวว่า จำเลยมีกรรมสิทธิ์ในงานก่อสร้าง รวมถึงวัสดุอุปกรณ์ต่าง ๆ ก่อนทรัพย์สินตกเป็นกรรมสิทธิ์ของการรถไฟแห่งประเทศไทยซึ่งหากจำเลยไม่มีกรรมสิทธิ์แล้ว วัสดุอุปกรณ์ต่าง ๆ ก็ย่อมไม่อาจจะตกลงให้โอนไปเป็นกรรมสิทธิ์ของการรถไฟแห่งประเทศไทยได้ อุทธรณ์ข้อนี้ของจำเลยจึงฟังไม่ขึ้น สำหรับข้อที่จำเลยอุทธรณ์ว่า ประกาศอธิบดีกรมสรรพากรฉบับดังกล่าวมีผลใช้บังคับหลังจากสัญญาสัมปทานระหว่างจำเลยกับกระทรวงคมนาคมและการรถไฟแห่งประเทศไทยมีผลบังคับ ย่อมเป็นการใช้กฎหมายให้มีผลย้อนหลัง นั้น เห็นว่า โจทก์นำข้อกฎหมายดังกล่าวมาอ้างปฏิเสธไม่คืนภาษีมูลค่าเพิ่มให้จำเลยและขอคืนภาษีมูลค่าเพิ่มเฉพาะกรณีความรับผิดในการเสียภาษีมีขึ้นหลังจากประกาศอธิบดีกรมสรรพากรฉบับดังกล่าวใช้บังคับ มิใช่เป็นการบังคับใช้กฎหมายให้มีผลย้อนหลังให้เป็นโทษแก่จำเลยแต่อย่างใด อุทธรณ์ข้อนี้ของจำเลยฟังไม่ขึ้น”
พิพากษากลับ ให้จำเลยคืนเงิน 338,737,204.86 บาท พร้อมดอกเบี้ยอัตราร้อยละ 7.5 ต่อปี นับจากวันที่ 27 ตุลาคม 2540 จนกว่าจะชำระเสร็จและให้จำเลยคืนเงิน 8,539,173.94 บาท พร้อมดอกเบี้ยอัตราร้อยละ 7.5 ต่อปี นับจากวันที่ 30 พฤศจิกายน 2540 จนกว่าจะชำระเสร็จ ให้จำเลยใช้ค่าฤชาธรรมเนียมทั้งสองศาลแทนโจทก์ โดยกำหนดค่าทนายความให้รวม 40,000 บาท